Sur le lieu exact de son exécution, et la manière dont elle s'est déroulée, le mystère demeure encore aujourd'hui. Selon certains historiens, il a été emmené à Jajince, dans la banlieue de Belgrade : là même où les Allemands exécutaient les patriotes yougoslaves pendant la guerre. Selon d'autres, il fut traîné sur l'île d'Ada Cingalija, sur la Save, au sud de la gare de Belgrade. A-t-il été fusillé par un peloton d'exécution ou abattu d'une balle dans la nuque ? S'est-il évanoui ou a-t-il pu s'écrier "Vive le roi Pierre", comme on l'a souvent dit ? A-t-il été enterré dans un lieu tenu secret ou son corps a-t-il été jeté dans une fosse commune et recouvert de chaux ? Seule certitude : le chef du premier mouvement de résistance militaire à l'Allemagne nazie en Europe occupée est mort le 17 juillet 1946.
A plusieurs milliers de kilomètres de là, Georges Bernanos note, amer et rageur : "Tandis que j'écris ces lignes, au petit jour, devant une mer immobile, tout à coup dorée par l'aube, je pense que Mihailovic est en train de faire face au peloton. On peut penser ce qu'on veut de celui qui fut le premier des maquisards, mais l'ignoble est précisément que personne n'en pense rien. Innocent ou coupable, qu'importe ? Le monde s'en fout. Eh bien, moi je me fous de ce monde."
Mihailovic. Héros trahi par les Alliés, Jean-Christophe Buisson